Die geologische Geschichte unserer heutigen Ammersee-Landschaft beginnt am Ende der Erdneuzeit, vor ungefähr 1 Million Jahren. Ein weltweiter Klimaumschwung ließ die Temperaturen auf der Erde und in den Ozeanen um mehr als 5° sinken. Riesige Gebirge der Erde vereisten. Das Eiszeitalter (Quartär) hat begonnen. Aus dem Alpenraum wandern während der Donau-, Günz- Mindel-, Riß und Würmkaltzeit die Gletscher nach Norden.
Unter den Gletschern und an ihren Seiten lagert sich der mitgebrachte Gesteinsschutt als Moränen ab. Sie ändern bei jedem neuen Eisvorstoß das Bild der Landschaften: Rinnen füllen sich wieder, neue Moränen bilden sich, und in Warmzeiten entstehen für - nach geologischen Maßstäben - sehr kurze Zeit immer wieder Seen.
Der Ammersee verdankt der letzten und vorletzten Vereisung in der Würm- und Rißkaltzeit seine Existenz. Aus der "Garmischer Pforte" wanderte der Ammergletscher zu uns. Vor 40 000 Jahren begannen die Eismassen zu schmelzen und vielleicht 30 000 Jahre später umschlossen Seiten- und Endmoränen eine riesige Wasserfläche - den Ammersee.
Der Ammersee bedeckte im Süden die Fläche bis zum heutigen Weilheim / Peißenberg, reichte im Norden bis Grafrath, im Westen zu den Höhen über dem jetzigen Ammerseewestufer und im Osten bis zur Linie Dellinger Höhe - Widdersberg - Andechs - Pähl.
Im Laufe von wenigen Jahrtausenden ist der Ammersee um 5/6 seiner Größe auf jetzt 47 Quadratkilometer geschrumpft. Daran war die Ammer und seine anderen Zuläufe Schuld: Sie haben all ihren mitgeführten Gesteinsschutt im See abgeladen. Am Nordende nagt die Erosion an der Endmoräne und legte den Ausfluss - die Amper - und damit den Seespiegel um ca. 30 m tiefer.